W skład Biura Prezesa wchodzi 10 zespołów oraz Biuro Rzecznika Prasowego, Samodzielne stanowisko pracy do spraw ochrony informacji niejawnych i Samodzielne stanowisko ds. BHP.


Zespół Organizacyjny
zapewnia obsługę administracyjną Biura Prezesa oraz współdziałanie z urzędami, instytucjami, organizacjami gospodarczymi i społecznymi. Wykonuje zadania związane z zarządzaniem informacjami na użytek publiczny oraz z prowadzeniem spraw: kadrowych, szkoleniowych oraz archiwalnych Agencji.


Zespół Prawny
wykonuje obsługę prawną Biura Prezesa oraz udziela pomocy komórkom obsługi prawnej oddziałów.


Zespół Gospodarowania Zasobem
wykonuje zadania w zakresie gospodarowania mieniem Zasobu i realizacji przepisów o kształtowaniu ustroju rolnego.


Zespół Nadzoru Właścicielskiego
pełni funkcje właścicielskie w spółkach, w których prawa z akcji lub udziałów wykonuje Prezes Agencji.


Zespół Finansowy
przygotowuje i realizuje politykę finansową Agencji w zakresie przepływów finansowych, restrukturyzacji zadłużenia, windykacji należności, udzielania pożyczek, poręczeń i gwarancji kredytowych oraz emisji i gospodarowania obligacjami, opracowuje zasady finansowe do przejmowania nieruchomości do Zasobu i gospodarowania Zasobem, a także monitoruje i wspiera pozyskanie środków finansowych z Unii Europejskiej przez podmioty Agencji.


Zespół Księgowości
prowadzi rachunkowość Biura Prezesa oraz koordynuje rachunkowość jednostek organizacyjnych Agencji i Zasobu.


Zespół Kontroli Wewnętrznej
przeprowadza kontrolę jednostek organizacyjnych Agencji i Zasobu według planu pracy zatwierdzonego przez Prezesa oraz na polecenie Prezesa. Kontroli podlegają również inne podmioty w zakresie ich obowiązków wobec Agencji, wynikających z zawartych umów.


Zespół Audytu Wewnętrznego
przeprowadza audyt na podstawie rocznego planu audytu wewnętrznego. Zakres prac audytu wewnętrznego obejmuje badanie i ocenę jakości, skuteczności i wystarczalności istniejącego systemu kontroli wewnętrznej oraz jakości wykonywania powierzonych zadań przez jednostki organizacyjne Agencji i Zasobu, a także inne podmioty w zakresie ich obowiązków wobec Agencji wynikających z zawartych umów.


Zespół Informatyki
tworzy i realizuje strategię kompleksowej informatyzacji Agencji.


Zespół Analiz i Prognoz
opracowuje, rozwija, udoskonala system analiz informacji statystycznych dotyczących Zasobu, a także opracowuje strategie rozwoju Agencji związane z realizacją jej statutowych działań.


Pełnomocnik Prezesa Agencji ds. Współpracy z Zagranicą
obsługuje współpracę Biura Prezesa Agencji Nieruchomości Rolnych z cudzoziemcami oraz instytucjami i organizacjami zagranicznymi w zakresie uregulowań prawno-organizacyjnych obrotu gruntami rolnymi w Polsce.