26 października 2007 r. Agencja wpłaciła do Funduszu Rekompensacyjnego, w ramach zobowiązań nałożonych przez ustawę o realizacji prawa do rekompensaty z tytułu pozostawienia nieruchomości poza obecnymi granicami Rzeczypospolitej Polskiej, kwotę 40 mln zł, stanowiąca zaliczkę za III kwartał 2007 roku. Suma zaliczek określona w planie finansowym na 2007 rok wynosi 400 mln zł. Określenie rocznego zobowiązania Agencji i ostateczne rozliczenie z Funduszem Rekompensacyjnym nastąpi po zatwierdzeniu sprawozdania finansowego za 2007 rok.