27 lipca 2007 r. Agencja wpłaciła do Funduszu Rekompensacyjnego, utworzonego na rzecz zaspakajania roszczeń „zabużan”, kwotę 40 mln zł.
Jest to zaliczka za II kwartał 2007 roku, w ramach zobowiązań nałożonych na Agencję przez ustawę o realizacji prawa do rekompensaty z tytułu pozostawienia nieruchomości poza obecnymi granicami Rzeczypospolitej Polskiej. Suma zaliczek określona w planie finansowym na 2007 rok wynosi 400 mln zł. Określenie rocznego zobowiązania Agencji i ostateczne rozliczenie z Funduszem Rekompensacyjnym nastąpi po zatwierdzeniu sprawozdania finansowego za 2007 rok.