Do zadań Zespołu Kontroli Wewnętrznej należy w szczególności:

1. przeprowadzanie w jednostkach organizacyjnych Agencji i Zasobu kontroli zleconych przez Prezesa, zgodnie z ustalonymi przez niego zasadami;
2. przeprowadzanie w jednostkach organizacyjnych Agencji i Zasobu postępowań wyjaśniających w przypadkach zarzutu dokonania lub usiłowania dokonania nadużycia przez pracownika Agencji lub inną osobę na szkodę Agencji;
3. współpraca, za wiedzą Prezesa, z organami powołanymi do ścigania przestępstw w sprawach dotyczących nadużyć popełnianych na szkodę Agencji lub w związku z jej działalnością przez pracowników Agencji lub inne osoby;
4. współdziałanie, za wiedzą Prezesa, z organami kontroli państwowej, na ich żądanie;
5. gromadzenie skierowanych do Agencji wystąpień pokontrolnych organów kontroli państwowej oraz koordynowanie wykonania zaleceń pokontrolnych przez właściwe zespoły i oddziały;
6. przekazywanie Prezesowi wniosków i propozycji wynikających z przeprowadzonych postępowań kontrolnych i wyjaśniających;
7. ewidencjonowanie, koordynowanie i nadzór nad rozpatrywaniem i załatwianiem wniosków, odwołań i skarg kierowanych do Zespołu. Sporządzanie rocznej analizy skarg i wniosków;
8. zawiadamianie Prezesa Agencji lub dyrektora oddziału terenowego o ujawnionych w toku kontroli czynach mających cechy przestępstwa, zabezpieczanie dokumentów i przedmiotów stanowiących dowód przestępstwa oraz zawiadamianie organów ścigania.