27 kwietnia 2007 r. Agencja wpłaciła do Funduszu Rekompensacyjnego, utworzonego na rzecz zaspakajania roszczeń „zabużan”, kwotę 40 mln zł. Jest to płatność za I kwartał 2007 roku, w ramach zobowiązań nałożonych na Agencję przez ustawę o realizacji prawa do rekompensaty z tytułu pozostawienia nieruchomości poza obecnymi granicami Rzeczypospolitej Polskiej. Roczne zobowiązanie Agencji z tego tytułu wynosi, zgodnie z planem finansowym na 2007 rok, 400 mln zł.