29 kwietnia 2009 r. Agencja wpłaciła do Funduszu Rekompensacyjnego, w ramach zobowiązań nałożonych przez ustawę o realizacji prawa do rekompensaty z tytułu pozostawienia nieruchomości poza obecnymi granicami Rzeczypospolitej Polskiej, kwotę 150 mln zł, stanowiąca zaliczkę za I kwartał 2009 roku.
Dotychczas Agencja wpłaciła do Funduszu rekompensacyjnego ok. 1,8 mld zł