Zespół Finansowy przygotowuje i realizuje politykę finansową Agencji w zakresie przepływów finansowych, restrukturyzacji zadłużenia, windykacji należności, udzielania pożyczek, poręczeń i gwarancji kredytowych oraz emisji i gospodarowania obligacjami, opracowuje przesłanki finansowe do przejmowania nieruchomości do Zasobu i gospodarowania Zasobem, a także monitoruje stosowanie pomocy publicznej w rolnictwie przez Agencję.

1. przygotowania projektu planu finansowego Agencji oraz planu finansowego Zasobu, nadzór nad ich realizacją i analiza wykonania;
   
2. analizowanie i nadzorowanie przepływu środków pieniężnych między oddziałami i Biurem Prezesa;
   
3. realizowanie polityki finansowej Agencji w ramach jej ustawowych zadań;
4. opiniowanie wniosków oddziałów terenowych w sprawie wydania pełnomocnictw do udzielenia poręczeń i gwarancji kredytowych oraz przygotowywanie wystąpień w ich sprawie do Rady Nadzorczej Agencji i ministra właściwego do spraw Skarbu Państwa;
5. restrukturyzacja zobowiązań finansowych Agencji we współdziałaniu z bankami i Ministerstwem Finansów;
6. opiniowanie wniosków w sprawie zabezpieczeń wykonania umów sprzedaży i dzirżawy mienia Zasobu;
7. nadzór nad działaniami windykacyjnymi w zakresie wywiązywania się z zobowiązań przez dzierżawców i nabywców mienia Zasobu, a w szczególności:
   • opracowywanie zasad i procedur windykacji, w tym sprawozdań wewnętrznych oraz odrębnych wynikających z przepisów prawa,
   • nadzorowanie działań oddziałów terenowych w zakresie egzekwowania należności wobec Agencji,
   • ocena strategii postępowań windykacyjnych, prowadzonych przez oddziały terenowe Agencji,
   • ocena skuteczności działań windykacyjnych,
   • monitorowanie kształtowania poziomu zaległości wobec Agencji,
   • sporządzanie sprawozdań w zakresie windykacji należności,
   • opiniowanie i uzgadnianie aktów prawnych w części dotyczącej windykacji należności,
   • rozpatrywanie odwołań od decyzji oddziałów terenowych w zakresie windykacji należności.
8. opracowywanie wytycznych i procedur dotyczących umarzania, odraczania lub rozkładania na raty należności Agencji, w tym wynikających z umów zawartych bezpośrednio przez Prezesa i Wiceprezesów;
9. opracowywanie zasad i trybu udzielania pożyczek oraz opiniowanie wniosków oddziałów terenowych o wyrażenie zgody przez Prezesa Agencji na udzielenie pożyczki;
10. realizacja emisji obligacji oraz gospodarowanie nimi;
11. zarządzanie wolnymi środkami finansowymi Biura Prezesa oraz wykonywanie funkcji inwestora na rynku pieniężnym, a także nadzór i kontrola nad zarządzaniem wolnymi środkami przez oddziały terenowe Agencji;
12. opracowywanie zbiorczych sprawozdań i informacji na potrzeby organów administracji w zakresie zadań wykonywanych przez Zespół;
13. analizowanie możliwości wykorzystania środków finansowych Unii Europejskiej;
14. opracowywanie wytycznych w sprawie stosowania pomocy publicznej przez Agencję w zakresie zadań wykonywanych przez Zespół.