30 października 2008 r. Agencja wpłaciła do Funduszu Rekompensacyjnego, w ramach zobowiązań nałożonych przez ustawę o realizacji prawa do rekompensaty z tytułu pozostawienia nieruchomości poza obecnymi granicami Rzeczypospolitej Polskiej, kwotę 90 mln zł, stanowiąca zaliczkę za III kwartał 2008 roku.
Dotychczas Agencja wpłaciła do Funduszu Rekompensacyjnego ponad 1,2 mld zł.