Agencja Nieruchomości Rolnych, zgodnie z art. 24 ust. 1a ustawy z dnia 19 października 1991 r. o gospodarowaniu nieruchomościami rolnymi Skarbu Państwa (Dz. U. z 2007 r. Nr 231, poz. 1700) została upoważniona do reprezentowania Skarbu Państwa w sprawach wynikających z postępowania regulacyjnego określonego w ustawach o stosunku Państwa do kościołów i innych związków wyznaniowych w Rzeczypospolitej Polskiej.

Postępowanie regulacyjne przeprowadza:
1) Komisja Majątkowa na wniosek kościelnych osób prawnych Kościoła Katolickiego,
2) Komisja Regulacyjna na wniosek kościelnych osób prawnych Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego, Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego i Kościoła Zielonoświątkowego,
3) Międzykościelna Komisja Regulacyjna na wniosek kościelnych osób prawnych Kościoła Ewangelicko-Reformowanego, Kościoła Ewangelicko-Metodystycznego, Kościoła Chrześcijan Baptystów, Kościoła Adwentystów Dnia Siódmego.

Uczestnikami postępowania regulacyjnego oprócz wnioskodawcy są wszystkie zainteresowane jednostki państwowe i kościelne, a przede wszystkim te, w których władaniu znajdują się utracone nieruchomości, w tym również Agencja.

Uczestnictwo Agencji w postępowaniach regulacyjnych polegać może na :
1. Przywróceniu nieruchomości rolnych i nierolnych na rzecz kościelnych osób prawnych, jeśli upaństwowione nieruchomości znajdują się w Zasobie Własności Rolnej Skarbu Państwa.
2. Wydzieleniu z Zasobu odpowiednich nieruchomości zamiennych – w przypadku braku możliwości przywrócenia utraconej nieruchomości rolnej znajdującej się w Zasobie oraz w razie jednoznacznego stwierdzenia braku możliwości zrealizowania uprawnień kościelnych osób prawnych z mienia innych jednostek niż Agencja, które władają upaństwowionymi nieruchomościami rolnymi.

Uczestnicy postępowania mogą zawrzeć ugodę przed zespołem orzekającym, a jeśli ugoda nie zostanie zawarta, zespół orzekający wydaje orzeczenie. Ugody i orzeczenia mają moc sądowych tytułów egzekucyjnych i stanowią podstawę do dokonania wpisów w księgach wieczystych i w ewidencji gruntów. Od orzeczeń składu orzekającego Komisji nie przysługuje odwołanie, a Agencja ma je wykonać w terminie wskazanym w orzeczeniu.

W przypadku braku możliwości przywrócenia własności nieruchomości lub jej części oraz przyznania nieruchomości zamiennej, kościelnej osobie prawnej przysługuje odszkodowanie. Obowiązek zapłaty odszkodowania w imieniu Skarbu Państwa ciąży na Ministrze Finansów lub właściwym wojewodzie, stosownie do przepisów regulujących sprawy majątkowe poszczególnych kościołów.

Jednocześnie w myśl wyżej cytowanych tzw. ustaw kościelnych, osobom prawnym poszczególnych kościołów, wojewoda lub inny organ (w tym Agencja) wykonujący w imieniu Skarbu Państwa prawa wynikające z własności nieruchomości albo organy gmin w zakresie swoich właściwości - mogą przekazywać nieodpłatnie, na ich wniosek, nieruchomości rolne na utworzenie lub powiększenie gospodarstw rolnych, a także na cele sprawowania kultu religijnego lub działalności w zakresie charytatywno-opiekuńczym, oświatowo-wychowawczym, itp.
Stosownie do art. 70ª ustawy z dnia 17 maja 1989 r., osobom prawnym Kościoła Katolickiego, które po dniu 8 maja 1945 r. podjęły działalność na Ziemiach Zachodnich i Północnych mogą być, na ich wniosek, przekazane nieodpłatnie na własność grunty znajdujące się w Zasobie Własności Rolnej Skarbu Państwa. Jeżeli grunty te znajdują się w zarządzie lub użytkowaniu, przekazanie ich na własność może nastąpić wyłącznie za zgodą zarządcy lub użytkownika.
Wielkość przekazanej nieruchomości rolnej, wraz z gruntami rolnymi będącymi już własnością wnioskodawcy, nie może przekraczać dla poszczególnych parafii, diecezji, seminariów, zgromadzeń zakonnych, norm obszarowych określonych w ust. 2 art. 70ª powołanej wyżej ustawy. Przekazanie na własność nieruchomości wchodzących w skład Zasobu, następuje w drodze decyzji wojewody właściwego ze względu na miejsce położenia nieruchomości, wydanej za zgodą Prezesa Agencji, reprezentowanego w tym zakresie przez dyrektora właściwego oddziału terenowego (filii) Agencji.
Natomiast Kościoły: Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny, Ewangelicko – Augsburski, Ewangelicko - Reformowany, Ewangelicko - Metodystyczny, Baptystów, Adwentystów Dnia Siódmego, Polskokatolicki i Zielonoświątkowy w Rzeczypospolitej Polskiej i ich osoby prawne mogą występować z wnioskami, do wojewodów lub innych organów wykonujących w imieniu Skarbu Państwa prawa wynikające z własności nieruchomości albo do organów jednostek samorządu terytorialnego w zakresie swoich właściwości, o nieodpłatne przekazanie na ich rzecz własności nieruchomości lub ich części:
1) jeśli są one niezbędne do sprawowania kultu religijnego lub działalności kościelnych osób prawnych w zakresie charytatywno – opiekuńczym lub oświatowo – wychowawczym,
2) w celu utworzenia lub powiększenia gospodarstwa rolnego parafii, zboru, a w przypadku Kościoła Adwentystów Dnia Siódmego, (kościelnym osobom prawnym prowadzącym działalność oświatowo-wychowawczą, opiekuńczo-wychowawczą lub charytatywno-opiekuńczą), działających na Ziemiach zachodnich i Północnych, o powierzchni do 15 ha użytków rolnych łącznie dla jednej parafii – zboru.
Powyższe kościoły i ich osoby prawne mogą występować do oddziałów terenowych (filii) Agencji o nieodpłatne przekazanie na ten cel nieruchomości Zasobu.
Mając za podstawę wyżej przytoczone przepisy prawne Agencja Nieruchomości Rolnych w okresie od 1992 r. do końca I półrocza 2008 r. przekazała nieodpłatnie kościołom i związkom wyznaniowym nieruchomości o łącznej powierzchni 81 887 ha, z czego 91 % tj. 74 590 ha na rzecz Kościoła Katolickiego.
Według szacunkowych danych na 31.12.2007 r. w Komisji Majątkowej pozostało do rozpatrzenia ok. 310 wniosków (obecnie ok. 270) kościelnych osób prawnych Kościoła Katolickiego, z czego w ponad 120 postępowaniach uczestniczy Agencja.

Zespół Gospodarowania Zasobem

Lista ustaw regulujących sprawy majątkowe kościelnych osób prawnych znajduje się w poniższym załączniku